神经性勃起功能障碍药物治疗方法有多种，如可选择中枢神经调节药物，内分泌类药物来治疗，还有西地那非等，对勃起功能障碍都有一定的疗效。
一、中枢神经调节药物
服用一些作用于中枢神经系统的药物对改善神经性勃起功能障碍有一定的作用，如育亨宾、酚妥拉明、阿扑吗啡、溴隐亭等。注意要谨遵医嘱来服用，以起到阻断5-羟色胺的作用，并提高睾酮激素水平。
二、内分泌类药物
如果勃起功能障碍患者存在有原发性性腺功能低下等情况的，可选择睾酮进行替代治疗。如可口服甲基睾酮和安雄，也可直接肌内注射激素类药物，如丙酸睾酮或者绒毛膜促性腺激素、庚酸睾酮等。
三、其它药物
还有其它一些药物对勃起功能障碍也有一定的效果，如西地那非对勃起功能障碍就有明显疗效，这种药也叫VIAGRA，有效果显著和安全性高的特点，可作为首选药物。另外也可在阴茎海绵体内注射或者经尿道、阴茎皮肤给予血管活性药物，如罂粟碱和前列地尔等，也可改善勃起功能障碍。